Også i overbygningen møder eleverne nye fag og nye lærere. Desuden har vi tradition for - og gode erfaringer med, at eleverne sammensættes i nye klasser når de kommer i 7. klasse. I afdelingen er der særligt fokus på faglighed samt at gøre eleverne klar til ungdomsuddannelserne. I flere sammenhænge gennemføres der aktiviteter i samarbejde med diverse ungdomsuddannelser, som skal give eleverne et godt afsæt til valg af ungdomsuddannelse. Som et ekstra krydderi er Hedegårdsskolen en del af Erasmus+, hvor skolens overbygningselever kan komme på studieture til de større europæiske byer. Ligeledes modtager skolen elever fra udlandet. De indkvarteres hos Hedegårdsskolens elever.